علت حادثه قطار مشهد یزد مشخص که بر این اساس، قطار با یک دستگاه بیل مکانیکی که قصل عبور از ریل را داشته برخورد می کند و از ریل خارج می شود.

بر اساس گزارش رسمی کمیسیون عمران مجلس درباره برخورد دو قطار مسافربری، عباس آخوندی مقصر اصلی حادثه قطار تبریز مشهد شناخته شد.